زیست فناوری، ژنتیک و اصلاح نباتات
محمدرضا رضائی؛ حمید رضا شریفی؛ علیرضا سیفی
چکیده
گیاهCrocus sativus ، گیاهی تریپلویید است که به روش رویشی با استفاده از بنه تکثیر میشود. به دلیل تولید مثل غیرجنسی، تفرق صفات و تنوع ژنتیکی در این گیاه با محدودیت مواجه است. نشانگرهای EST-SRR مزایایی از جمله همغالبیت، اختصیاصیت برای لوکوس خاص و پلیمورفیسم بالا نسبت به نشانگرهای دیگر دارند. با توجه به دردسترس بودن دادههای ترنسکریپتوم، ...
بیشتر
گیاهCrocus sativus ، گیاهی تریپلویید است که به روش رویشی با استفاده از بنه تکثیر میشود. به دلیل تولید مثل غیرجنسی، تفرق صفات و تنوع ژنتیکی در این گیاه با محدودیت مواجه است. نشانگرهای EST-SRR مزایایی از جمله همغالبیت، اختصیاصیت برای لوکوس خاص و پلیمورفیسم بالا نسبت به نشانگرهای دیگر دارند. با توجه به دردسترس بودن دادههای ترنسکریپتوم، امکان شناسایی نشانگرهای EST-SSR برای مطالعات پلیمورفیسم در گیاه زعفران وجود دارد. جهت توسعه نشانگرهای EST-SSR، دادههای RNA-Seq گیاه زعفران از NCBI دریافت شدند. سپس کنترل کیفیت و پیرایش دادهها به ترتیب توسط ابزارهای FastQC و Trimmomatic انجام گرفت. با استفاده از این دادهها و ابزار RNA-Bloom، سرهمبندی ترنسکریپتوم انجام گرفت. ابزار CD-HIT-EST برای حذف ترنسکریپتهای مشابه و تکراری استفاده شد. کیفیت ترنسکریپتوم با استفاده از BUSCO مورد ارزیابی قرار گرفت و درصد ترنسکریپتهای کامل، حدود 90 درصد به دست آمد. پس از دستیابی به ترنسکریپتوم با کیفیت در زعفران، از نرمافزار MISA برای شناسایی EST-SSR ها در ترنسکریپتوم استفاده شد. طراحی آغازگر با استفاده از نرمافزار Primer3 برای توالیهای EST-SSR، انجام شد. تعداد 35459 توالی SSR شناسایی شدند و آغازگر برای آنها طراحی گردید. از تعداد 10 جفت آغازگر که برای تکثیر PCR روی DNA زعفران انتخاب شدند، 7 جفت آغازگر در اندازه پیشبینی شده تکثیر شدند که نشان از کارایی 70 درصدی نشانگر دارد. نشانگرهای EST-SSR شناسایی شده در این پژوهش در مطالعات ژنتیکی زعفران میتوانند مورد استفاده قرار گیرند.
زیست فناوری، ژنتیک و اصلاح نباتات
قاسم نجاری؛ خشنود نوراللهی
چکیده
بیماری لکه موجی با عامل Alternaria alternata یکی از مهمترین بیماری‌های گیاهی در دنیا به شمار می‌رود. برای تعیین تنوع ژنتیکی در جمعیتهای قارچAlternaria 50 نمونه در سطح مزارع زعفران در استان خراسان رضوی (کاشمر، تربت‌جام، تربت حیدریه، مه ولات، بردسکن) و استان خراسان جنوبی (قائنات، سرایان، بیرجند) جمع آوری گردید. در نهایت 50 جدایه قارچ A. alternata از نمونههای ...
بیشتر
بیماری لکه موجی با عامل Alternaria alternata یکی از مهمترین بیماری‌های گیاهی در دنیا به شمار می‌رود. برای تعیین تنوع ژنتیکی در جمعیتهای قارچAlternaria 50 نمونه در سطح مزارع زعفران در استان خراسان رضوی (کاشمر، تربت‌جام، تربت حیدریه، مه ولات، بردسکن) و استان خراسان جنوبی (قائنات، سرایان، بیرجند) جمع آوری گردید. در نهایت 50 جدایه قارچ A. alternata از نمونههای آلوده با استفاده از محیط کشت سیب زمینی، دکستروز، آگار جداسازی گردید. آزمایش مولکولی جدایه‌ها بعد از خالص سازی و شناسائی با استفاده از پنج جفت آغازگر ریز ماهواره انجام گرفت. در مجموع 22 آلل با میانگین 11.1 آلل در تمام جمعیت ها توسط آغازگرهای ریزماهواره تولید شد. بیشترین مقدار آلل مربوط به جمعیت مه ولات با 14 آلل و و کمترین جمعیتهای سرایان، بیرجند و قائن با 10 آلل بود. مقایسه پارامترهای تنوع ژنتیکی در هشت جمعیت نشان داد که جمعیت تربت جام بیشترین تنوع ژنتیکی را دارند. اما مقادیر پایینی برای قائنات محاسبه شده است. بیشترین و کمترین فاصله ژنتیکی بین قائن- مه ولات (328/0) و بردسکن- مه ولات (054/0) دیده شد. بر اساس دندروگرام جمعیت ها، دو گروه از همدیگر متمایز شدند؛ یک گروه شامل قائنات و دیگری بیرجند، مه ولات، سرایان، بردسکن، کاشمر، تربت جام و تربت حیدریه بود. تجزیه واریانس ملکولی نشان داد که میزان تنوع ژنتیکی در درون جمعیت 71% و بین جمعیت‌ها 29% می‌باشد. شباهت ژنتیکی بالایی بین جدایه ها از مناطق مختلف وجود داشت. نتایج به دست آمده از این مطالعه می‌تواند در اصلاح ارقام مقاوم زعفران و گسترش اقدام قرنطینه‌ای بسیار مفید باشد.
زیست فناوری، ژنتیک و اصلاح نباتات
محمد علی بهدانی؛ علی ایزانلو
چکیده
زعفران زراعی به عنوان با ارزشترین ادویه جهان از نظر ژنتیکی کلون مونومورفی بوده، ولی تفاوتهایی نیز در فنوتیپ و کیفیت گزارش شده است که مهمترین تنوع فنوتیپی از نظر زراعی و اقتصادی، وجود گلهای با بیش از سه کلاله است، بنابراین هدف از این تحقیق استفاده از نشانگرهای مولکولی مختلف جهت مطالعه مولکولی زعفران های با بیش از 3 کلاله ...
بیشتر
زعفران زراعی به عنوان با ارزشترین ادویه جهان از نظر ژنتیکی کلون مونومورفی بوده، ولی تفاوتهایی نیز در فنوتیپ و کیفیت گزارش شده است که مهمترین تنوع فنوتیپی از نظر زراعی و اقتصادی، وجود گلهای با بیش از سه کلاله است، بنابراین هدف از این تحقیق استفاده از نشانگرهای مولکولی مختلف جهت مطالعه مولکولی زعفران های با بیش از 3 کلاله در منطقه و اندازهگیری تنوع ژنتیکی بین آنها بود. در این تحقیق، کلونهای زعفران با بیش از سه کلاله بهطور کامل همراه با خاک اطراف ریشه از مزارع کشاورزان جمعآوری و بطور کامل در جعبههای پلاستیکی، جهت حفظ شرایط زیستی، مستقر گردیدند. استخراج DNA به روش CTAB از برگهای گل دارای بیش از سه کلاله انجام شد. زعفرانهای با بیش از سه کلاله در مقایسه با حالت معمولی دارای گلهای بزرگتر و تعداد گلبرگهای به نسبت بیشتری بودند. بیشترین فراوانی تعداد کلاله در بین نمونههای بیش از سه کلاله مربوط به چهار و پنج کلاله با 38 درصد بود. نمونههای دارای شش کلاله با فراوانی 14 درصد مشاهده شد. در بین نمونههای جمعآوری شده تنها یک نمونه با تعداد کلاله هفت نیز مشاهده گردید. از مجموع 48 آغازگر ISSR آزمون شده روی نمونه DNAی بالک، تنها 16 آغازگر تشکیل نوار دادند. نتایج حاصل از الکتروفورز ژل آگاروز برای آغازگرهای ISSR نشان داد که محدوده نوارهای تشکیل شده در فاصله 100 تا 1000 جفت باز بود. با بررسی نوارهای تشکیل شده برای آغازگرهای ISSR، چندشکلی قابل ملاحظهای بین کلونهای مختلف زعفران مورد بررسی مشاهده نشد. لذا، براساس این سیستم نشانگری تنوع ژنتیکی بین کلونهای با تعداد کلاله متفاوت ملاحظه نشد. از بین نشانگرهای SSR آزمون شده، 10 نشانگر چند شکلی را بین کلون ها نشان دادند. نتایج تجزیه همبستگی براساس ضریب همبستگی اسپیرمن نشان داد که ارتباط معنیدار آماری بین هیچ کدام از آللهای نشانگر ریزماهواره و تعداد کلالهها مشاهده نشد.
