زیست فناوری، ژنتیک و اصلاح نباتات
معصومه علی اکبری؛ روح اله شاملو دشت پاگردی؛ اسماعیل ابراهیمی
چکیده
روش‌های ژنومیکس کارکردی نظیر تجزیه و تحلیل توالی‌های EST، امکان شناسایی، بررسی بیان و مطالعه رونوشت‌های ژنی درگیر در شبکه‌های تنظیمی و متابولیکی را فرآهم آورده‌اند. در این پژوهش به منظور شناسایی جهت گیری کارکردی ژنوم و تعیین شبکه ژنی درگیر در تکامل کلاله زعفران، 6202 توالی EST مربوط به کتابخانه‌ی کلاله بالغ زعفران مورد بررسی و تحلیل ...
بیشتر
روش‌های ژنومیکس کارکردی نظیر تجزیه و تحلیل توالی‌های EST، امکان شناسایی، بررسی بیان و مطالعه رونوشت‌های ژنی درگیر در شبکه‌های تنظیمی و متابولیکی را فرآهم آورده‌اند. در این پژوهش به منظور شناسایی جهت گیری کارکردی ژنوم و تعیین شبکه ژنی درگیر در تکامل کلاله زعفران، 6202 توالی EST مربوط به کتابخانه‌ی کلاله بالغ زعفران مورد بررسی و تحلیل قرار گرفتند. پس از پیرایش اولیه توالی‌ها، دسته بندی و هم گذاری آنها انجام شد که منتج به ایجاد 910 unigene (604 کانتیگ و 304 سینگلتون) گردید. جستجوی بلاست ایکس نشان داد که 570 unigene دارای hit مشخص در بین پروتئین‌های آرابیدوپسیس بودند و برای سایر توالی‌ها hit مشخصی شناسایی نشد. گروه‌بندی و Gene enrichment analysis توالی‌ها آنها را در 31 گروه کارکردی مختلف قرار داد که حضور 12 گروه در سطح آماری 1% معنی‌دار گردید. شبکه ژنی مربوط به توالی های با حضور بالا (بیش از 20 رونوشت)، نشان داد که ارتباطات ژنی پیچیده ای در کلاله بالغ زعفران وجود دارد. نتایج مشخص نمود که مسیر علامت‌دهی جاسمونیک اسید و عوامل رونویسی مربوط به آن همچون MYB21 و Zinc finger ها سهم بزرگی از شبکه تنظیمی را به خود اختصاص می‌دهند و نقش کلیدی ای در تنظیم متابولیسم اولیه و ثانویه کلاله و به خصوص متابولیسم کارتنوئیدها (به عنوان مهم ترین متابولیت های زعفران)، بر عهده دارند. ژن‌های شناسایی شده در این پژوهش می توانند نامزدهای مناسبی برای دست‌ورزی تکامل و متابولیسم کلاله زعفران باشند.
