زیست فناوری، ژنتیک و اصلاح نباتات
محمدرضا رضائی؛ حمید رضا شریفی؛ علیرضا سیفی
چکیده
گیاهCrocus sativus ، گیاهی تریپلویید است که به روش رویشی با استفاده از بنه تکثیر میشود. به دلیل تولید مثل غیرجنسی، تفرق صفات و تنوع ژنتیکی در این گیاه با محدودیت مواجه است. نشانگرهای EST-SRR مزایایی از جمله همغالبیت، اختصیاصیت برای لوکوس خاص و پلیمورفیسم بالا نسبت به نشانگرهای دیگر دارند. با توجه به دردسترس بودن دادههای ترنسکریپتوم، ...
بیشتر
گیاهCrocus sativus ، گیاهی تریپلویید است که به روش رویشی با استفاده از بنه تکثیر میشود. به دلیل تولید مثل غیرجنسی، تفرق صفات و تنوع ژنتیکی در این گیاه با محدودیت مواجه است. نشانگرهای EST-SRR مزایایی از جمله همغالبیت، اختصیاصیت برای لوکوس خاص و پلیمورفیسم بالا نسبت به نشانگرهای دیگر دارند. با توجه به دردسترس بودن دادههای ترنسکریپتوم، امکان شناسایی نشانگرهای EST-SSR برای مطالعات پلیمورفیسم در گیاه زعفران وجود دارد. جهت توسعه نشانگرهای EST-SSR، دادههای RNA-Seq گیاه زعفران از NCBI دریافت شدند. سپس کنترل کیفیت و پیرایش دادهها به ترتیب توسط ابزارهای FastQC و Trimmomatic انجام گرفت. با استفاده از این دادهها و ابزار RNA-Bloom، سرهمبندی ترنسکریپتوم انجام گرفت. ابزار CD-HIT-EST برای حذف ترنسکریپتهای مشابه و تکراری استفاده شد. کیفیت ترنسکریپتوم با استفاده از BUSCO مورد ارزیابی قرار گرفت و درصد ترنسکریپتهای کامل، حدود 90 درصد به دست آمد. پس از دستیابی به ترنسکریپتوم با کیفیت در زعفران، از نرمافزار MISA برای شناسایی EST-SSR ها در ترنسکریپتوم استفاده شد. طراحی آغازگر با استفاده از نرمافزار Primer3 برای توالیهای EST-SSR، انجام شد. تعداد 35459 توالی SSR شناسایی شدند و آغازگر برای آنها طراحی گردید. از تعداد 10 جفت آغازگر که برای تکثیر PCR روی DNA زعفران انتخاب شدند، 7 جفت آغازگر در اندازه پیشبینی شده تکثیر شدند که نشان از کارایی 70 درصدی نشانگر دارد. نشانگرهای EST-SSR شناسایی شده در این پژوهش در مطالعات ژنتیکی زعفران میتوانند مورد استفاده قرار گیرند.