با همکاری انجمن علمی گیاهان دارویی ایران
نویسنده = اسماعیلی، احمد
زیست فناوری، ژنتیک و اصلاح نباتات

شناسایی نشانگرهای مولکولی ریز ماهواره در گیاه زعفران (.crocus sativus L) با استفاده از داده های RNA-Seq

دوره 10، شماره 2، تابستان 1401، صفحه 149-161

https://doi.org/10.22048/jsat.2022.326684.1452

علی درویشیان، فرهاد نظریان فیروزآبادی، مصطفی درویش نیا، احمد اسماعیلی

چکیده زعفران ارزشمندترین گیاه ادویه‎ای و دارویی جهان است. به‌نژادی زعفران به دلیل اطلاعات اندک از ساختار ژنوم آن با مشکلات زیادی همراه است. از این‌رو، دست‌یابی به اطلاعات ژنتیکی این گیاه از اهمیت بسیاری برای برنامه‌های به‌نژادی سنتی و مولکولی آن برخوردار می‌باشد. نشانگرهای مولکولی به‌ویژه نشانگرهای قدرتمند هم‌بارزی همانند نشانگرهای ریزماهواره (SSRs) جایگاه مهمی در برنامه‌های به‌نژادی دارند. در پژوهش حاضر برای اولین بار نشانگرهای ریزماهواره‌ی SSR بنه گیاه زعفران از ترانسکریپتوم بنه تحت تاثیر بیماری قارچی Fusarium oxysporum استخراج شدند. در این راستا پس از استخراج RNA، توالی‌یابی بر اساس چارچوب فنی Novaseq6000 انجام شد. یکپارچه‎سازی نوپدید با بهره‌گیری از نرم‌افزار Trinity صورت گرفت و برای شناسایی SSRها از ابزار جستجوی MISA استفاده شد. بر اساس نتایج این مطالعه، از 357028 رونوشت شناسایی شده، تعداد 70060 رونوشت دربرگیرنده‌ی توالی SSR بودند. همچنین از مجموع 89888 SSR شناسایی شده، تکرارهای 1 و 2 نوکلئوتیدی بیشترین فراوانی (50% و 26%) را به خود اختصاص دادند. بر اساس نتایج حاصل از الگوریتم BLAST، بیشترین میزان شباهت رونوشت‌های حاوی SSRها با برنج و آرابیدوپسیس به‌ دست آمد. در مجموع از میان یونی‌ژن‌ها، تعداد 18846، 23988 و 10969 به ترتیب در پایگاه‌های داده‌ی UNIPROT، Nr و GO شناسایی شدند که تعداد 10375 یونی‌ژن در بین همه‌ی پایگاه‌ها مشترک بود. به دلیل اهمیت این گیاه در ایران به‌عنوان یک محصول راهبردی، توسعه نشانگرهای هم‌بارز با چندشکلی بالا مانند نشانگرهای SSR، برای بررسی تنوع ژنتیکی، ساخت نقشه‌های ژنتیکی، تجزیه و تحلیل پیوستگی و نقشه‌یابی QTLs در برنامه‌های به-نژادی این گیاه مهم خواهد بود.

کشاورزی و علوم پایه

تأثیر کود زیستی نیتروکسین، پلیمر سوپرجاذب و روش کاشت بر عملکرد گل و بنه زعفران در شرایط دیم خرم آباد

دوره 6، شماره 4، زمستان 1397، صفحه 461-472

https://doi.org/10.22048/jsat.2017.81060.1221

سعید حیدری، خسرو عزیزی، احمد اسماعیلی

چکیده به منظور بررسی نقش کودهای زیستی، مواد سوپرجاذب و روش کاشت بر عملکرد گل و بنة زعفران در شرایط دیم، آزمایشی در سال‌های زراعی 94-1393 و 95-1394 به صورت فاکتوریل در قالب طرح بلوک‌های کامل تصادفی با سه تکرار در مزرعه تحقیقاتی دانشکده کشاورزی دانشگاه لرستان به اجرا در آمد. در این مطالعه‌ عامل‌های کود زیستی نیتروکسین (مصرف 5 لیتر در هکتار و عدم مصرف)، پلیمر سوپرجاذب استاکوزورب (مصرف 240 کیلوگرم در هکتار و عدم مصرف) و روش کشت (خطی و کپه‌ای) مورد آزمون قرار گرفت. نتایج نشان داد از نظر تعداد بنه در واحد سطح اثرات متقابل سه گانه در سال اول و دوم معنی‌دار بود و تیمار ترکیبیِ عدم مصرف نیتروکسین در کشت کپه‌ای همراه با مصرف سوپرجاذب درسال اول با 67/80 و در سال دوم با 67/183 بنه در متر مربع تیمار برتر بود. صفات تعداد گل و وزن کلاله تر و خشک در واحد سطح در هر دو سال اختلاف معنی‌دار آماری داشتند و در سال اول کشت کپه‌ای و مصرف سوپر جاذب و عدم مصرف نیتروکسین تیمار برتر بود؛ در حالیکه در سال دوم تیمار برتر کشت کپه‌ای با مصرف سوپرجاذب و نیتروکسین بود. از نظر عملکرد کلاله خشک زعفران در سال اول کشت کپه‌ای با مصرف سوپرجاذب و بدون کاربرد نیتروکسین با عملکرد حدود 6/0 کیلوگرم در هکتار و در سال دوم کشت کپه‌ای با مصرف نیتروکسین و سوپرجاذب با عملکرد 719/0 کیلوگرم در هکتار تیمارهای برتر بودند. بطورکلی نتایج این تحقیق نشان داد که در دو سال اجرای آزمایش در شرایط دیم، کشت کپه‌ای با مصرف سوپرجاذب و مصرف نیتروکسین قابل توصیه است. دلایل توصیه و معرفی این روش کاشت، شرایط خشک و کمبود آب در منطقه و کاهش مصرف کودهای شیمیایی در جهت حرکت به سوی کشاورزی پایدار است.