زیست فناوری، ژنتیک و اصلاح نباتات
مریم واحدی؛ سید علیرضا سلامی؛ مجید شکرپور؛ حسن رضادوست
چکیده
زعفران گیاه دارویی و ادویهای ارزشمند متعلق به خانواده زنبق و بهعنوان منبع غنی از آپوکاروتنوئیدها در جهان محسوب میشود. به دلیل سایز بزرگ و پیچیدگی ژنوم زعفران توالییابی آن بهعنوان چالش مطرح است. با ظهور تکنیکهای توالییابی نسل بعد، توالییابی RNA بهعنوان منبع غنی مطالعات بیولوژیکی توسعه یافته است. سرهمبندی ترنسکریپتومها ...
بیشتر
زعفران گیاه دارویی و ادویهای ارزشمند متعلق به خانواده زنبق و بهعنوان منبع غنی از آپوکاروتنوئیدها در جهان محسوب میشود. به دلیل سایز بزرگ و پیچیدگی ژنوم زعفران توالییابی آن بهعنوان چالش مطرح است. با ظهور تکنیکهای توالییابی نسل بعد، توالییابی RNA بهعنوان منبع غنی مطالعات بیولوژیکی توسعه یافته است. سرهمبندی ترنسکریپتومها از تعداد بیشمار خوانشهای کوتاه منبعی غنی برای مطالعه گونههایی که ژنوم مرجع آنها در دسترس نیست فراهم میکند. اما سرهمبندی قرائتها و رسیدن به نتیجه مطلوب بهویژه برای گیاهان پلیپلوئید همواره یک چالش بزرگ محسوب میشود. در این مطالعه کارایی ابزارهای مختلف سرهمبندی با توجه به فاکتورهایی همچون طول N50، تعداد کل یونیژنها و درصد همردیفی مورد مقایسه قرار گرفتند. نتایج نشان داد که Bridger بهعنوان ابزاری بهتر جهت سرهمبندی قرائتهای ترنسکریپتوم زعفران است که میتواند سرهمبندی بر اساس پارامترهای تعداد ترنسکریپتها، طول N50، اندازه کل سرهمبندی و درصد همردیفی قرائتها به ترنسکریپتوم فراهم آورد. Velvet/Oases بالاترین درصد درهمریختگی را نشان میدهد که منجر میشود اعضای مختلف یک خانواده ژنی که شباهت بالایی به یکدیگر دارند در یک ترنسکریپت سرهمبندی شوند. نتایج حاصل از این تحقیق میتواند به محققان در جهت انتخاب بهتر ابزار سرهمبندی و توسعه ابزارهای موجود راهکارهایی را ارائه نماید.