زراعت و فناوری زعفران

چکیده زعفران گیاه دارویی و ادویه‌ای ارزشمند متعلق به خانواده زنبق و به‌عنوان منبع غنی از آپوکاروتنوئیدها در جهان محسوب می‌شود. به دلیل سایز بزرگ و پیچیدگی ژنوم زعفران توالی‌یابی آن به‌عنوان چالش مطرح است. با ظهور تکنیک‌های توالی‌یابی نسل بعد، توالی‌یابی RNA به‌عنوان منبع غنی مطالعات بیولوژیکی توسعه یافته ‌است. سرهم‌بندی ترنسکریپتوم­ها­ از تعداد بی‌شمار خوانش‌های کوتاه منبعی غنی برای مطالعه گونه‌هایی که ژنوم مرجع آن‌ها در دسترس نیست فراهم می‌کند. اما سرهم‌بندی قرائت­ها و رسیدن به نتیجه مطلوب به‌ویژه برای گیاهان پلی­پلوئید همواره یک چالش بزرگ محسوب می‌شود. در این مطالعه کارایی ابزارهای مختلف سرهم‌بندی با توجه به فاکتورهایی هم­چون طول N50، تعداد کل یونی­ژن‌ها و درصد هم‌ردیفی مورد مقایسه قرار گرفتند. نتایج نشان داد که Bridger به‌عنوان ابزاری بهتر جهت سرهم‌بندی قرائت­های ترنسکریپتوم زعفران است که می­تواند سرهم­بندی بر اساس پارامترهای تعداد ترنسکریپت­ها، طول N50، اندازه کل سرهم­بندی و درصد هم‌ردیفی قرائت­ها به ترنسکریپتوم فراهم آورد. Velvet/Oases بالاترین درصد درهم­ریختگی را نشان می­دهد که منجر می­شود اعضای مختلف یک خانواده ژنی که شباهت بالایی به یکدیگر دارند در یک ترنسکریپت سرهم­بندی شوند. نتایج حاصل از این تحقیق می‌تواند به محققان در جهت انتخاب بهتر ابزار سرهم‌بندی و توسعه ابزارهای موجود راهکارهایی را ارائه نماید.